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1982 wurde eine Vereinbarung der Kultusministerkonferenz getroffen, welche die gegenseitige Anerkennung der Abschlüsse gewährleistet, d.h. dass Gesamtschulabschlüsse auch in Bundesländern, die das Modell Gesamtschule nicht fortgeführt haben (z.B. Bayern), anerkannt werden. Dies gilt auch für das Abitur an Gesamtschulen. Die diese Schulform ablehnenden Länder, vor allem Bayern, fürchteten, die für das dreigliedrige System geltenden Niveaunormen könnten unterlaufen werden. Lernziele und Lerninhalte müssen laut KMK-Vereinbarung den jeweiligen Anforderungen des nach Schularten gegliederten Schulwesens entsprechen. Eine Folge davon ist, dass Gesamtschulen gezwungen sind, ab der 7. Klasse unterschiedliche Niveaugruppen einzurichten mit einer Leistungsdifferenzierung in Deutsch, Englisch und Mathematik, die mit der 2. Fremdsprache zusammen gut die Hälfte der Unterrichtszeit ausmachen.

Zu einer Neuauflage der Gesamtschuldiskussion kam es Anfang der 1990-er Jahre im Rahmen der deutschen Wiedervereinigung. Während westdeutsche Gesamtschulbefürworter hofften, die bereits vorhandenen Einheitsschulen der DDR in Gesamtschulen umzuwandeln, wollten erhebliche Teile der ostdeutschen Bevölkerung ihr Recht auf das Gymnasium verwirklicht sehen. Die Einheitsschule der DDR beruhte also nicht auf einer einhelligen Zustimmung. So kam es nur in Brandenburg in Folge der Landespartnerschaft mit dem von der SPD regierten Nordrhein-Westfalen zu einer quantitativ bedeutsamen Einführung der Gesamtschule.

Weitgehend unbemerkt von der westdeutschen Öffentlichkeit haben Sachsen und Thüringen nach der "Wende" 1990 ein zweigliedriges Schulsystem eingeführt, in dem Haupt- und Realschulen zusammengelegt werden als Mittelschule bzw. als Regelschule. Mecklenburg-Vorpommern hat dies später ebenso gemacht unter der Bezeichnung "Regionale Schule", Brandenburg unter der Bezeichnung "Oberschule". Im Saarland ist als erstem westdeutschen Bundesland die Hauptschule abgeschafft worden. Auch Hamburg wird mit Stadtteilschulen statt Haupt- und Realschulen 2009 ein zweigliedriges System einführen, in das auch die bestehenden Gesamtschulen eingehen sollen. Allerdings bleibt es bei den drei traditionellen Abschlüssen und eigenständigen Gymnasien. Bayern hat dagegen 1999 noch den jahrzehntelang üblichen gemeinsamen Unterricht von Haupt- und Realschülern in der 5. und 6. Klasse abgeschafft.

In Berlin, Brandenburg und Mecklenburg-Vorpommern besteht außerdem in der 5. und 6. Klasse eine gesamtschulartige Orientierungsstufe, in der die Kinder zusammen unterrichtet werden. Die Ausnahmen für die Einrichtung von 5. Klassen an Gymnasien sind selten. Niedersachsen hat dageben die in den 1970er Jahren eingeführte gemeinsame Orientierungsstufe unter Kultusminister Busemann (CDU) wieder abgeschafft, Bremen folgte unter der Großen Koalition 2005.

Auftrieb erhielt die Diskussion um die Leistungsfähigkeit dieser Schulform, als die PISA-Werte 2000/2003 für deutsche Gesamtschulen deutlich schlechter ausfielen als etwa von Realschulen. Dem kann entgegengehalten werden, dass mit die besten PISA-Werte auch an einigen deutschen Gesamtschulen erreicht wurden (z. B. Helene-Lange-Schule (Wiesbaden) oder an der Laborschule Bielefeld. Umgekehrt gibt es Untersuchungen, die den deutschen Gesamtschulen eine bessere Förderung von schwachen Schülern als im gegliederten System bescheinigen.[2] In den Gesamtschulen wird seit PISA stärker über effizienten und nachhaltigen Unterricht nachgedacht, zumal viele Bundesländer zum Zentralabitur übergehen, das alle Schulformen mit gleichen Aufgaben überprüft.

Einen neuen Anlauf zur Steigerung der Schülerleistungen bedeutet die Einführung der nationalen Bildungsstandards für den mittleren Abschluss in den Fächern Deutsch, Englisch und Mathematik sowie den Naturwissenschaften in 2004 und 2005. Ihre Einhaltung soll über Vergleichsarbeiten, die in allen Schulformen gleich sind, überprüft werden. Viele Schulen müssen sich jetzt einem Vergleich mit anderen stellen.

Ein weiterer Fokus der aktuellen Diskussion liegt auf dem hohen Anteil ausländischer Schüler zumindest an Berliner und westdeutschen Gesamtschulen in Ballungszentren. Viele deutschsprachige Eltern fürchten, dass ihre Kinder sprachlich zu wenig gefördert werden können, und weichen deshalb in das gegliederte System aus. Dabei meiden sie neben den Gesamt- auch und vor allem die Hauptschulen.