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Unter Eltern, Politikern und Pädagogen liegen die Meinungen über die Gesamtschule weit auseinander. Daher ist die Gesamtschule auch in den einzelnen Bundesländern, mit ihren unterschiedlichen politischen Mehrheiten und Traditionen, unterschiedlich weit verbreitet.

• Befürworter betonen, dass die - sozial und der Bildung nach - schwächeren Schüler besonders zu fördern seien und sie daher möglichst lange mit den starken Schülern gemeinsam lernen sollten. Dies habe auch positive Rückwirkungen auf die starken Schüler und letztlich die gesamte Gesellschaft. Diese Auffassung wird vor allem von der politischen Linken (SPD, Grüne, PDS) vertreten und dominiert anscheinend auch unter Erziehungswissenschaftlern (nicht jedoch Lehrern). Als positives Modell werden gerne die skandinavischen Bildungssysteme herangezogen.
• Gegner der Gesamtschule befürchten, dass das gemeinsame Lernen den unterschiedlich begabten Schülern nicht gerecht werde: die schlechten seien über-, die guten unterfordert. Die schlechten "zögen" die guten "herab". Abzulehnen sei auch die Größe vieler Gesamtschulen (fünf oder gar sechs Klassen nebeneinander), die wegen des komplizierteren Kurssystems nötig sei. Die wissenschaftliche Begleituntersuchung zur niedersächsischen Orientierungsstufe unterstützt diese Sicht.

Die Diskussion um die Gesamtschule wird deshalb so heftig geführt, weil Eltern praktisch um das Wohl ihrer Kinder besorgt sind, und weil theoretisch die Diskussion an elementare Fragen von Erziehung und Bildung heranführt. Die grundlegendste dieser Fragen ist die, ob die unterschiedliche Stärke von Schulkindern an einer (genetisch bedingten) Begabung liegt oder aber an beeinflussbaren äußeren Bedingungen. Die Anhänger der ersten Auffassung befürworten eher das gegliederte Schulsystem, die Anhänger der letzteren die Gesamtschule.

In der Diskussion werden gern einzelne Bundesländer miteinander vergleichen und auch ausländische Beispiele herangezogen. Aufgrund der sozialen Unterschiede allein schon in Deutschland ist der Vergleich mitunter schwierig: Die besseren Leistungen bayerischer Schüler können mit dem dort praktizierten gegliederten Schulsystem zusammen hängen, aber auch mit der starken wirtschaftlichen Lage Bayerns. Erst recht sind Vergleiche mit dem Ausland problematisch, beispielsweise mit dem Gesamtschulland und PISA-Sieger Finnland, das eine teils erheblich andere Sozialstruktur hat und dessen Schulsystem noch diverse weitere Unterschiede aufweist.

Ebenfalls verweisen Gesamtschulgegner gerne auf die Tatsache, dass sämtliche PISA-Verlierer, also die gesamte untere Hälfte der Punkteskala, Gesamtschulsysteme haben. Dies kann man jedoch auch darauf zurückführen, dass es weltweit fast ausschließlich Gesamtschulsysteme gibt. Hier gilt es wieder, keine Bestandteile eines Systems isoliert zu betrachten: In England gibt es zwar fast nur "Gesamtschulen", allerdings auch ein stark entwickeltes Privatschulwesen. Und auch in den USA dürften die Kinder des Millionärs und seiner Putzfrau kaum die gleiche Schulbank drücken, da beide in ganz verschiedenen Stadtteilen wohnen.