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Die Geschichte der Gesamtschule ist, gemessen etwa an der des Gymnasiums, relativ kurz. Die zugrunde liegende Idee, eine Schule für alle Kinder und Jugendlichen einzurichten, unabhängig von ihrer Herkunft, ihren Fähigkeiten und Neigungen und ihrem künftigen Beruf, reicht dagegen weit zurück.

Forderungen, alle Kinder des Volkes in einer Einheitsschule (Gesamtschule) zu unterrichten, lassen sich in Deutschland bis ins 17. Jahrhundert zurückverfolgen. Comenius setzte sich in seinem Werk "Große Didaktik", im Unterschied zu zeitgenössischen Forderungen, drei verschiedene grundständige Schulen – Bauern-, Bürger- und Gelehrtenschulen – einzurichten, für ein einheitliches, in Stufen gegliedertes Schulsystem ein. Den Ausgangspunkt seiner pädagogischen Überlegungen stellte die Gleichheit aller Menschen vor Gott dar.

Die erste ausführliche Konzeption für eine Gesamtschule legte 1809 der preußische Leiter der Sektion für Kultus und Unterricht Wilhelm von Humboldt vor. Das von ihm de facto angeregte humanistische Gymnasium wurde allerdings in sozialer Hinsicht das genaue Gegenteil. Weiterhin gab es so genannte Mittelschulen bzw. Realgymnasien, die neben oder nach der Volksschule zu höheren Abschlüssen führten.

Erst 1919 führte die Weimarer Verfassung eine Gesamtschule ein, und zwar die vierjährige Grundschule für die Sechs- bis Zehnjährigen. Gleichzeitig wurde die Unterrichts- oder genauer Schulpflicht eingeführt - zuvor konnten reiche Eltern ihre Kinder auch zuhause oder in einer auf das Gymnasium vorbereitenden Vorschule unterrichten lassen. In Österreich gibt es bis heute eine Beschulungspflicht (dort Unterrichtspflicht genannt); jedoch keine Schulpflicht.

Die Odenwaldschule, Heppenheim, ist eine integrierte und die älteste Gesamtschule (1910 gegründet). Eine der ersten Gesamtschulen in Deutschland war die Waldorfschule in Stuttgart (1919 gegründet).

1947 verordnete der Alliierte Kontrollrat auf amerikanische Initiative den Deutschen in der Kontrollratsdirektive 54 der Intention nach ein Gesamtschulsystem. Alliierte Bildungsexperten hielten es für zu früh, Kinder bereits nach vier Jahren Grundschule in verschiedene Schultypen zu verteilen. Sie sahen darin einen der Gründe für die Anfälligkeit der Deutschen für die rassistische NS-Ideologie, denn das gegliederte Schulsystem löse bei einer kleinen Gruppe ein Überlegenheits- und bei der Mehrzahl der Schüler ein Minderwertigkeitsgefühl aus. Doch gelang es den deutschen Bildungspolitikern, durch Verzögerung der Umsetzung wieder stärker an die Weimarer Schultradition anzuknüpfen.

Im Bildungssystem der DDR wurde auf diktatorischem Weg die Einheitsschule wie in allen Ostblockstaaten durchgesetzt, die von der SED zur einheitlichen Erziehung zum "sozialistischen Menschen" genutzt wurde. Sie reichte von der Grundschule (Unterstufe) bis zur 8. Klasse bzw. ab spätestens 1984 bis zur 10. Klasse in der Polytechnischen Oberschule (POS). Die Erweiterte Oberschule (EOS), die nur gut 10 Prozent der Schüler in vier bzw. zwei Jahren zum Abitur führte, schloss sich erst ab der 9. Klasse bzw. ab der 11. Klasse an.

Der Begriff Gesamtschule wurde 1963 auch als Abgrenzung zur sozialistischen Einheitsschule in der DDR vom West-Berliner Schulsenator Carl-Heinz Evers geprägt.

Die Kritik am horizontal gegliederten Schulsystem der Bundesrepublik und die positiven Erfahrungen mit ausländischen Schulreformen, vor allem in England und Schweden, führten zur Wiederaufnahme der Diskussion. Zugleich war der Blick auf die Schulsysteme in den USA, der UdSSR und der DDR gerichtet. Jedoch nicht nur eine Veränderung der Struktur des Schulsystems, sondern auch der Unterrichtsorganisation, der Unterrichtsmethoden sowie der Bildungsziele und –inhalte wurden gefordert. Also zielten die Motive einerseits auf mehr Modernisierung, andererseits auf mehr soziale Gerechtigkeit. Integration benachteiligter Gruppen anstatt "Aussonderung" war das Ziel.

Der Deutsche Bildungsrat forderte die Einrichtung von Schulversuchen mit Gesamtschulen, um die anstehenden gesellschaftspolitischen Entscheidungen über die Strukturveränderungen der Schule auf wissenschaftlich begleitete und kontrollierte Versuche stützen zu können. In Deutschland wurden staatliche Gesamtschulen ab 1968 in West-Berlin, ab den 1970er Jahren in den meisten Bundesländern eingerichtet.

Wurde anfangs der Beschluss des Bildungsrates auch von CDU-Politikern mitgetragen, so kam es in den folgenden Jahren doch zu einem "Schulkampf" zwischen CDU und SPD. Dies hatte mit der zeitgleichen Machtverschiebung im Bund und den Ländern zugunsten der SPD zu tun. Diese Partei machte in der 1970er Jahren die Gesamtschule zum schulreformerischen Kernstück ihrer Politik. Daraufhin expandierte die Gesamtschule, was in Gymnasien und - nicht nur bei konservativen Politikern - auf Ablehnung stieß.

Ein Höhepunkt dieses Konfliktes war 1978 der Versuch der SPD/FDP-Landesregierung, in NRW die Gesamtschule flächendeckend einzuführen. Die oppositionelle CDU, die Mehrzahl von Lehrer- und Elternverbänden sowie die Kirchen veranstalteten Großkundgebungen und Flugblattaktionen. Es bildete sich die Initiative "Stoppt das Schulchaos", die vom 16. Februar bis 1. März 1978 mehr als 3,6 Millionen Unterschriften gegen die kooperative Gesamtschule sammelte und so die erforderliche 20 Prozent-Hürde für ein Volksbegehrens weit übertrafen[1]. Das neue Schulgesetz wurde so verhindert.