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Pädagogisch ist das Zentralabitur stark umstritten, wobei die meisten Lehrer für diejenige Variante eintreten, die sie aus ihrem Land gewohnt sind [Stumpf 1993].

Auf den ersten Blick erweckt das Zentralabitur den Anschein besserer Vergleichbarkeit oder höherer Transparenz. Tatsächlich kann davon jedoch nicht die Rede sein, wenn nicht zugleich auch eine zentrale Bewertung erfolgt wie in anderen Schulsystemen – und das ist in Deutschland in keinem einzigen Bundesland der Fall. Vielmehr obliegt die Bewertung weiterhin den jeweiligen Kurslehrern. Zwar muss die Bewertung stellenweise, beispielsweise in NRW, an einem zentral ausgegebenen Bewertungsraster ausgerichtet werden. Um Unabhängigkeit zu garantieren, findet in Baden-Württemberg eine Zweitkorrektur und Drittkorrektur an einer anderen Schule durch einen Zweit-/Drittkorrektor statt. Der Zweitkorrektor kennt weder den Namen von Erstkorrektor, Prüfling und Schule und weiß auch nicht, zu welcher Note der Erstkorrektor gekommen ist. Der Drittkorrrektor kennt ebenfalls die Namen der beiden Korrektore, der Schule und des Prüflings nicht, jedoch kennt er die beiden Vornoten und hat die Aufgabe zu einer Endnote zu kommen. Dieses Verfahren bildet jedoch die Ausnahme. In zahlreichen anderen Bundesländern ist zwar eine Zweitkorrektur vorgesehen, jedoch nicht notwendigerweise durch einen Lehrer an einer anderen Schule, und weder die Identität von Erstkorrektor und Prüfling noch die Note des Erstkorrektors sind hier geheim zu halten.

In ähnlicher Weise wird der zentralen Prüfung eine größere Gerechtigkeit attestiert. Dagegen lässt sich einwenden, dass bei einem zentral gestellten Abitur zwar die Prüfungsaufgaben, nicht aber die Vorbereitung für alle Schüler gleich ist. In diesem Kontext ist aber auch zu hinterfragen, inwiefern eine "gleiche" Vorbereitung über identische Lehrpläne hinaus möglich wäre, zumal bei dezentral gestellten Prüfungen nahezu kein Anhaltspunkt zur Vergleichbarkeit der Vorbereitung der Schüler gegeben ist.

Trotzdem kommt es bei einem nichtzentralen Abitur in Einzelfällen vor, dass Lehrer ihre Schüler, unter Missbrauch ihres Ermessensspielraums, überaus gezielt auf einzelne Prüfungsaufgaben vorbereiten (literarisch verarbeitet in "Der Schüler Gerber" von Friedrich Torberg). Um solche Gegebenheiten zu vermeiden, wurden entsprechende Kontrollmechanismen entwickelt, beispielsweise die schulaufsichtliche Kontrolle und Auswahl der eingereichten Aufgaben, eine Zweitkorrektur sowie mündliche Prüfungen bei signifikant von den Vornoten abweichenden schriftlichen Ergebnissen.

Die Heftigkeit, mit der in Deutschland über die Organisationsform des Abiturs gestritten wurde, ist wahrscheinlich nur mit dem in kultureller Tradition begründeten Symbolwert dieser Prüfung zu erklären. Denn die tatsächliche Bedeutung der schriftlichen Arbeiten ist durch die Ausgestaltung des Abiturs als ausbildungsbegleitende Prüfung seit 1972 stark reduziert. Nach derzeit (2004) bundesweit geltender Regelung gehen die Noten aus sämtlichen schriftlichen Prüfungen zusammengenommen mit einem Gewicht zwischen nur 10,7% (6/56) und 21,4% (12/56) in die Abiturnote ein (das genaue Gewicht hängt davon ab, wieviele Abiturfächer es gibt, wieweit mündliche Prüfungen stattfinden und ob eine besondere Lernleistung eingebracht wird).

Während die Auswirkung des Zentralabiturs auf die Abiturnote also zumeist überschätzt wird, hat es signifikanten Einfluss auf den vorhergehenden Unterricht und die individuelle Prüfungsvorbereitung: Mit zentralen Prüfungen geht ein Kanon an einheitlich zu behandelnden Inhalten einher, welcher den Unterricht in der vorausgehenden Qualifikationsphase deutlich stärker bindet als ein neuer oder geänderter Lehrplan.

Die zentrale Organisation und die personelle Kontinuität der Hauptverantwortlichen im Ministerium garantieren eine relativ hohe Qualität, auch hinsichtlich des Schwierigkeitsgrades der Aufgabenstellung. Indem man jährlich die Lehrer austauscht, welche eine komplette Abiturprüfung für ihr Fach erarbeiten, versucht man zu ähnliche Aufgaben zu vermeiden (darüber hinaus werden meist Weisungen erteilt, die die Lehrer zur Berücksichtigung der bisher gestellten Abituraufgaben hinweist). Zumeist verpflichtet das jeweilige Kultusministerium mehrere Lehrkräfte, eine Abiturprüfung für ihr Fach zu erarbeiten, aus der dann die Beste gewählt werden kann. Bei dezentralen Prüfungen kann hingegen der Schüler sicher sein, dass nicht oder nur sehr oberflächlich behandelte Themengebiete des Stoffplans nicht Teil der Aufgaben sein werden. Meist kann der Schüler aber abschätzen, dass Aufgaben, welche in den letzten ein bis zwei Jahren nicht vorkamen, nun Teil des Abiturs werden. Dadurch begünstigt das Zentralabitur eine Prüfungsvorbereitungsstrategie, die sich zu einem entscheidenden Anteil auf käuflich erhältliche Prüfungsaufgaben der letzten Jahre oder Jahrzehnte stützt. Zumeist werden aber die wesentlichen Lerninhalte in den Prüfungen abgefragt und repräsentieren somit im Schnitt über die Jahre jeden Aspekt des Lehrplans.