Die ersten zwei Stunden des Schultages an der Waldorfschule sind dem Hauptunterricht gewidmet, welcher über einen Zeitraum von drei bis sechs Wochen dasselbe Fach behandelt (so genannter Epochenunterricht). Während der ersten acht Schuljahre wird er von einem Klassenlehrer, in der Oberstufe von wechselnden Fachlehrern gehalten. Der anschließende Fachunterricht am Vormittag und am Nachmittag liegt in der Hand entsprechender Fachlehrer. Hier werden die handwerklich-künstlerischen Fächer, Fremdsprachen, Sport und Religion unterrichtet. Der tägliche Stundenplan wird sporadisch durch verschiedene Formen des Projektunterrichts ergänzt bzw. variiert. Theateraufführungen, Konzerte, Ausstellungen, Schulfeste und Praktika sind fester Bestandteil des Alltags.
Zu jeder Unterrichtsepoche führen die Schüler ein Epochenheft, das zum Ende der Epoche dem Lehrer übergegeben wird und unter anderem der Leistungsbeurteilung dient. Mancherorts wird diese klassische waldorfpädagogische Form der Heftführung heute durch Portfolios ergänzt.
Lehrbücher sind in der Waldorfpädagogik traditionell nicht vorgesehen und kommen darum nur selten zur Anwendung. Ebenso werden elektronische Medien - insbesondere während der ersten Schuljahre - gar nicht oder nur zurückhaltend eingesetzt. Ursprung dieser Auffassung ist die behauptete Notwendigkeit einer starken und unmittelbaren Lehrer-Schüler-Beziehung im zweiten "Lebensjahrsiebt", welche durch den Einsatz von Medien behindert werden könnte, sowie eine angeblich größere erzieherische und gesundheitliche Förderlichkeit von realen Sinneserlebnissen gegenüber virtuellen.
Grundsätzlich werden verschieden intellektuell, sozial, emotional und motorisch begabte Schüler innerhalb ein und derselben Klasse unterrichtet. Individuelle Förderung wird vorrangig mittels Binnendifferenzierung versucht, eine äußere Differenzierung in verschiedene Leistungsklassen findet frühestens in der Oberstufe statt. Durch das Beisammensein verschieden befähigter Menschen sollen soziale Lerneffekte ermöglicht werden. Ein "Sitzenbleiben" gibt es nicht.
Zensuren werden traditionell nicht vergeben, stattdessen wird im Schulzeugnis der individuelle Leistungsstand und Leistungsfortschritt schriftlich ausformuliert. Durch diese Praxis sollen Fortschritte und Leistungen gewürdigt werden, die durch die üblichen Schulnoten gar nicht oder nicht adäquat zum Ausdruck gebracht werden können. Auf Wunsch der Eltern oder Nachfrage der Schüler wird an manchen Schulen ab der neunten oder zehnten Klasse ein Ziffernzeugnis ausgestellt.