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Im Mittelalter begann die Lehrtätigkeit zunächst formlos nach Erlangung der akademischen Grade des Lizentiaten und des Magisters innerhalb der Artistenfakultät oder des Doktors in den höheren Fakultäten.

In der akademischen Historie ist die Habilitation eine Einrichtung der späten "Neuzeit". In Zeiten der mittelalterlichen Universitäten und der ersten deutschen Universitäten des 18. Jh. war die Habilitation weitgehend unbekannt. Die Promotion hatte hier den Stellenwert der höchsten akademischen Ausbildung; die so genannte disputatio war die Regel.

In der Zeit von Luther beispielsweise, als die Theologie noch die bestimmende Disziplin an den Universitäten war, verteidigte man seine Doktorthesen mit der Disputation und wurde dann Doctor theologiae. Seine Thesen hängte man in den "benachbarten" Universitätsstädten aus, wie mutmaßlich auch an der Wittenberger Schlosskirchtür. Dieses "schwarze Brett" war die Einladung zu den Disputationen. Wer kommen wollte, kam hinzu, wobei immer einer besonders geladen war, um mit dem Kandidaten zu disputieren. Diese Disputationen wurden auch meistens veröffentlicht, jedoch nicht vom Kandidaten, sondern vom Prüfer. Interessant daran ist, dass wohl die Reformationsgeschichte nicht denkbar wäre, wenn Luther nicht ständig zu irgendwelchen Disputationen geladen worden wäre, bei denen er seine Lehre zu präzisieren lernte. Allerdings lud man auch selbst zu Disputationen ein, wenn man bereits Doktor war.

Erst mit der Zeit entwickelte sich an den deutschen Universitäten aus den disputationes die Habilitation. Die Bezeichnung Habilitation kann aus dem neulateinischen "Befähigungsnachweis", aufbauend aus dem mittellateinischen habilitare (= geschickt machen, fähig machen), abgeleitet werden. Vom Hochmittelalter bis zur Reformation hatte ein Doktor das Recht, an allen abendländischen Universitäten zu lehren; dieses Recht wurde das ius ubique docendi genannt.

Im deutschsprachigen Raum war die Habilitation bis vor wenigen Jahren Voraussetzung für eine Berufung als Hochschullehrer einer Universität. Mit der Einführung der Juniorprofessur gibt es in Deutschland seit 2002 jedoch einen konkurrierenden Qualifikationsweg, so dass die Habilitation zukünftig an Bedeutung verlieren könnte.