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Kritik am Bologna-Prozess wird sowohl von Seiten der Studierenden als auch der Hochschulen selbst geäußert. In Deutschland dominieren Befürchtungen, dass ein verkürztes Studium, zumindest bei Bachelor-Absolventen, zu einem geringeren Qualifikationsniveau und zu einem weniger praktischen und berufsqualifizierenden Abschluss führen werde (z.B. durch den Wegfall von Praxissemestern und Auslandsaufenthalten). Den Studierenden werde durch die gestraffte Ausbildungsform und die zumeist vorgegebenen Lehrinhalte die Möglichkeit genommen, eigene Interessenschwerpunkte herauszuarbeiten und sich wissenschaftlich experimentell einzubringen.

Das Studium werde so zunehmend auf rein wirtschaftliche und berufsbezogene Kriterien reduziert, das vormalige Bildungsideal mit dem Prozess aufgegeben. Auch die Tatsache, dass die neuen Studienabschlüsse in Deutschland mit den traditionellen Ausbildungspfaden der Lehre und des berufsbegleitenden Studiums an Akademien konkurrieren, bietet Anlass zur Sorge. So treten nicht wenige Bachelorabschlüsse in direkte Konkurrenz zu klassischen und etablierten beruflichen (bzw. technischen) Ausbildungsabschlüssen (so beispielsweise in pharmazeutischen Fächern und der Medizintechnik) oder lassen bisher noch keine klaren Arbeitsmarktqualifizierungen bzw. adäquate Beschäftigungsfelder erkennen (so beispielsweise im Architekturstudium oder Lehrberufen). Gerade Studentenvertreter bezweifeln daher, dass Bachelor-Studierende angemessene Beschäftigungsangebote erhalten werden und sprechen sich deutlich gegen Zugangsbeschränkung zum Master-Studium aus.

Auf Seiten der Hochschulen bedeutet die Umstellung der Studienstrukturen einen großen Arbeitsaufwand, der mit hohen Kosten verbunden ist (z.B. durch die Akkreditierung neuer Studiengänge). Kritisiert werden deshalb zum einen die fehlende Finanzausstattung für eine Umsetzung der Reformen, als auch ein Verlust an Tiefe und wissenschaftlicher Komponenten im Studium.

Ein weiteres Problem ist das Wegfallen der Rahmenprüfungsordnungen, die für zahlreiche Studiengänge galten. Zwar soll das Akkreditierungsverfahren der Studiengänge einen gewissen inhaltlichen Standard definieren, tatsächlich führt der größere Freiraum der Fachbereiche und Hochschulen jedoch zu einer unübersichtlichen Vielfalt inhaltlich recht verschiedener Studiengänge mit gleichem Namen. Der Wechsel zwischen verschiedenen Hochschulen, der als eines der Ziele des Bologna-Prozesses verstanden wurde, wird damit eher erschwert denn erleichtert.

Gerade bei Studiengängen, die mit einer staatlichen Prüfung - wie Medizin oder Rechtswissenschaft - enden, ist die Bereitschaft das Bachelor/Master-System einzuführen eher gering. Es wird dort u.a. vorgebracht, dass bereits seit Jahrzehnten die Vergleichbarkeit der qualitativ hochwertigen Abschlüsse durch hochschulexterne Prüfungen hergestellt ist.

Ein weiteres Problem stellt die Adaptierung der akademischen Grade an das neue System dar, da von vielen Seiten eine Abneigung gegen die angloamerikanischen Titel herrscht. Es besteht unter anderem die Befürchtung, dass diese die nationalen Titellandschaften nur verwässern und zur internationalen Vergleichbarkeit der Abschlüsse nichts beitragen würden. Diese Annahme wird dadurch begründet, dass trotz identischem akademischem Grad oft die Inhalte der einzelnen Studien stark divergieren würden. Aus diesem Grund verleihen viele Universitäten und Hochschulen weiterhin die national üblichen akademischen Grade.

Es wurden auch bereits an einigen Universitäten Klagen auf dem Verwaltungsgerichtswege eingeleitet gegen die Abschaffung der klassischen akademischen Grade, so etwa an der Phillips-Universität Marburg, wo der Dekan des Fachbereichs Philosophie und Gesellschaftswissenschaften, Dirk Kaesler gegen die Abschaffung des Diploms im Fach Soziologie durch die Hochschulleitung klagte. Sowohl das Verwaltungsgericht Gießen als auch der Hessische Verwaltungsgerichtshof wiesen die Klage zurück und bekräftigten das Recht der Marburger Hochschulleitung, die Diplomstudiengänge - auch gegen den erklärten Willen der Fachvertreter - einzustellen.