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Die verliehene Amtsbezeichnung lautet "Professor" in Bayern, Berlin, Brandenburg, Bremen und Thüringen (in Thüringen mit der Maßgabe eines geeigneten Hinweises auf den Status als Juniorprofessor). Sie lautet "Juniorprofessor" in Baden-Württemberg und Niedersachsen wenn angestellt, in Sachsen-Anhalt und Schleswig-Holstein. In den anderen Fällen sehen die Landeshochschulgesetze keine einheitliche Regelung vor: Dort ist die Situation also je nach Universität verschieden. In den Ernennungsurkunden steht häufig "Professor als Juniorprofessor". Beim abgekürzten Titel wird ein breites Spektrum beobachtet: Prof., jr.-Prof., jun.-Prof., Jun.-Prof., Junior-Prof., Juniorprof., J.-Prof., JProf., JP, "nur" Dr.

Die Uneinheitlichkeit verschärft sich, wenn man nach dem Ende des maximal sechsjährigen Dienstverhältnisses keine Lebenszeitprofessur erhält, sondern auf einer Drittmittelstelle weiterbeschäftigt wird oder gar den Hochschuldienst verlässt. Der Titel "Professor" kann zwar laut den meisten Landeshochschulgesetzen nach Beendigung des Dienstverhältnisses als akademische Bezeichnung weitergeführt werden, teilweise unter der Bedingung einer bestimmten Minimaldienstzeit von z.B. fünf Jahren. Es ist jedoch unklar, ob das auch für einen "Professor als Juniorprofessor" gilt, außer in Berlin, wo der Titel bereits nach erfolgreicher Zwischenevaluation auf Lebenszeit geführt werden darf (BerlHG § 103 in der Fassung vom 21. April 2005). Im Zweifel empfiehlt sich eine Anfrage beim Kultusministerium. Sofern die Lehrtätigkeit fortgesetzt wird, erhalten in Niedersachsen bestätigte Juniorprofessoren die Bezeichnung "außerplanmäßiger Professor", während in Baden-Württemberg, Hessen und Rheinland-Pfalz Juniorprofessoren zur Verleihung dieser Bezeichnung vorgeschlagen werden können. Positiv evaluierte Juniorprofessoren können am Ende ihrer Dienstzeit in Brandenburg die Lehrbefugnis beantragen und in Sachsen-Anhalt die Bezeichnung "Privatdozent" führen. In Schleswig-Holstein ist die Bezeichnung "Juniorprofessor" nach dem Ausscheiden aus dem Dienst ausdrücklich untersagt.

Als die Bundesministerin für Bildung und Forschung Frau Edelgard Bulmahn auf dem 3. Symposium zur Juniorprofessur am 13. September 2005 in Hannover abermals auf das Thema der Bezeichnung nach Dienstende angesprochen wurde (weil Habilitierte den Titel "Privatdozent" behalten), schlug sie "Juniorprofessor a.D." vor. Diese Lösung war wahrscheinlich scherzhaft gemeint, da das Kürzel a.D. eigentlich pensionierten Beamten zusteht und über diese Gruppe hinaus nur in Ausnahmefällen Verwendung findet.