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In vielen Fachbereichen wird die Habilitation auf absehbare Zeit die Regelqualifikation bleiben, da dort die Haltung gegenüber der Juniorprofessur von abwartender Skepsis bis zu völliger Ablehnung reicht. Selbst in Fachbereichen, die Juniorprofessuren ausschreiben, kommt es häufig vor, dass Juniorprofessoren sicherheitshalber zusätzlich eine Habilitation anstreben, obwohl nach der Absicht des Gesetzgebers die Wahrnehmung einer Juniorprofessur die Anfertigung einer Habilitationsschrift eigentlich erübrigen sollte. Normalerweise wird die Habilitation allerdings im Rahmen eines Dienstverhältnisses als Akademischer Rat auf Zeit (A 13) oder eines Angestelltenverhältnisses als Wissenschaftlicher Mitarbeiter (BAT II a bzw. TVöD/TV-L 13 angefertigt. Es kommt auch vor, dass sich zügig habilitierte Privatdozenten erfolgreich auf eine Juniorprofessur bewerben.

Wegen der mit der Einführung der Juniorprofessur einhergegangenen Abschaffung der Besoldungsordnung C 1 für Hochschulassistenten war zunächst keine Verbeamtung auf Zeit für Habilitanden mehr möglich. Somit hatte sich nach der Reform die Attraktivität von Habilitationsstellen merklich verschlechtert, da die Netto-Bezahlung nunmehr immer, trotz der höheren Funktion, deutlich unter der eines verbeamteten Schullehrers lag. Manche Fachbereiche behalfen sich mit als Juniorprofessuren getarnten Habilitationsstellen, was dem Reformzweck völlig zuwiderläuft (s.o.). Alle Bundesländer außer Brandenburg, Mecklenburg-Vorpommern und Sachsen-Anhalt haben inzwischen mit einer Anpassung ihrer Landeshochschulgesetze reagiert und Akademische Räte auf Zeit eingeführt. Allerdings bleibt es dort wie vor der Reform den Universitäten überlassen, ob sie ihren Habilitanden ein Beamtenverhältnis auf Zeit oder ein befristetes Angestelltenverhältnis anbieten, was unterschiedlich gehandhabt wird.