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In der Schweiz gab es bereits die Assistenzprofessur.  In Deutschland wählte man letztendlich einen anderen Namen, wohl um sich bewusst von einer Personalkategorie abzugrenzen, die manche Bundesländer zwischen 1969 und 1974 eingeführt hatten und vom ersten Hochschulrahmengesetz 1976 wieder abgeschafft wurde. Die Assistenzprofessur in Deutschland hatte ähnliche Ziele wie die Juniorprofessur, bleibt aber, wie ihre frühe Abschaffung belegt, als gescheitert in Erinnerung, da sie sowohl bei Professoren wie bei Angehörigen des akademischen Mittelbaus als potentielle Anwärter auf diese Stelle auf breite Ablehnung stieß; besonders wurde kritisiert, dass die Stelle nur befristet sei und nicht in ein Dienstverhältnis auf Lebenszeit münde. In der Vorbereitungsphase der Juniorprofessur (die Wortschöpfung stammt vom Bundesministerium für Bildung und Forschung) wurde jedoch auch der Ausdruck Assistenzprofessur benutzt (von der Max-Planck-Gesellschaft), ebenso wie Qualifikationsprofessur (von der Deutschen Forschungsgemeinschaft) und Nachwuchsprofessur (vom Wissenschaftsrat).

Nach Empfehlungen der Hochschulrektorenkonferenz vom 2. November 1998 und dem "Berliner Manifest für eine neue Hochschulpolitik" vom 11. Dezember 1998 setzte das BMBF im Juni 1999 eine Expertenkommission "Reform des Hochschuldienstrechts" ein, die am 10. April 2000 ihren Bericht Hochschuldienstrecht für das 21. Jahrhundert vorlegte. Dort wurde u.A. die Neugestaltung des Qualifikationsweges der Hochschullehrer durch die Einführung der Juniorprofessur und das Entfallen der Habilitation vorgeschlagen. Neben der früheren Unabhängigkeit des Hochschullehrernachwuchses in Forschung und Lehre waren die Verbesserung der internationalen Anschlussfähigkeit, die Senkung des Erstberufungsalters, die Erhöhung der Anteile weiblicher und ausländischer Wissenschaftler sowie die bessere Planbarkeit wissenschaftlicher Karrierewege weitere zentrale Ziele der Dienstrechtsreform. Ähnliche Ziele formulierte der Wissenschaftsrat 2001 in seinen Empfehlungen zur Förderung des wissenschaftlichen Nachwuchses, die auch einen geschichtlichen Überblick zur Entwicklung der Qualifikationswege zum Hochschullehrer geben.

Die Beobachtung, dass das Erstberufungsalter deutscher Professoren mit durchschnittlich über 40 Jahren deutlich höher liegt als in den meisten vergleichbaren Nationen, während die Besoldung übrigens nicht zur Weltspitze gehört, veranlasste das BMBF rahmengesetzlich etwas dagegen zu unternehmen. Als Ursache wurde die in der Regel sechs Jahre beanspruchende traditionelle Habilitationsprozedur mit abschließender Prüfung angesehen, die im Ausland zumeist unüblich ist. Zusätzlicher Druck entstand durch die Thematisierung der Abwanderung hervorragender junger Wissenschaftler aus Deutschland u. A. an US-amerikanische Universitäten unter dem Stichwort Brain Drain. Diese Emigration hängt nicht zuletzt mit der Umgehung der mehrjährigen Hürde der Habilitation sowie den insgesamt unbürokratischeren Forschungsbedingungen dort zusammen. Auch letzteres Problem meinte man mit der Juniorprofessur lösen zu können.