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Nachdem die mit absoluter CDU- bzw. CSU-Mehrheit geführten Freistaaten Thüringen, Bayern und Sachsen ein Verfahren der abstrakten Normenkontrolle beantragt hatten, erklärte der Zweite Senat des Bundesverfassungsgerichts am 27. Juli 2004 mit einer 5:3 Mehrheitsentscheidung das Hochschulrahmengesetz vom 16. Februar 2002 wegen Überschreitung der Rahmengesetzgebungskompetenz des Bundes mit Artikel 70, Artikel 75 in Verbindung mit Artikel 72 Absatz 2 des Grundgesetzes für unvereinbar und nichtig.

Dies bedeutete aber nicht die Verfassungswidrigkeit der Juniorprofessur, sondern stellte lediglich den Gesetzgebungsspielraum des Bundes in Bildungsangelegenheiten klar. Die Verfassungsklage beruhte auf der verfassungsrechtlich bedingten Zuständigkeitsverteilung in Deutschland, nach der den Bundesländern die Kulturhoheit zukommt und dem Bund nur eine Rahmengesetzgebungszuständigkeit im Bildungsbereich. Das Bundesverfassungsgericht stellte die Grundgesetzwidrigkeit eines bundesgesetzlichen Zwangs zur Abschaffung der Habilitation zugunsten der Einführung der Juniorprofessur fest und erklärte ihn für nichtig.

Am 31. Dezember 2004 trat die sogenannte Reparaturnovelle (HdaVÄndG) in Kraft, die die Juniorprofessur als Personalkategorie bestätigt, aber den Ländern weitergehenderen Spielraum bei der Ausgestaltung der Juniorprofessur und bei der von vielen gewünschten Beibehaltung der Habilitation lässt, als es das Hochschulrahmengesetz von 2002 tat. Mit dieser Entscheidung wurde die Juniorprofessur also nicht abgeschafft. Da die meisten Bundesländer bereits landesgesetzliche Grundlagen für die Juniorprofessur geschaffen hatten und diese nach der Reparaturnovelle nicht widerrufen haben, steht der Weiterführung der Juniorprofessur nichts entgegen; vielmehr wurde die Juniorprofessur auch in das Landesrecht der restlichen Bundesländer übernommen.

Der damalige Präsident der Hochschulrektorenkonferenz, Peter Gaehtgens, forderte am Tag des Urteils auf, ein "reduziertes Rahmengesetz" nicht durch eine "übermäßige Regelungsdichte" auf Länderebene auszufüllen; man habe bereits einen "Flickenteppich von unterschiedlichen Regelungen" und spräche "im europäischen Wettbewerb sozusagen mit 16 + 1 Stimmen, was doch eine sehr ungewöhnliche Situation ist". Auch der Generalsekretär des Wissenschaftsrates, Wedig von Heyden, forderte bundesweite Bestimmungen. Die Landeshochschulgesetze unterscheiden sich jedoch weiterhin in vielen Punkten (s.u.).